120 ans après sa construction, la Saline Royale d'Arc-et-Senans cesse définitivement son activité. Elle connaît ensuite une histoire mouvementée jusqu'à son présent touristique et culturel. D'abord partiellement abandonnée, elle subit les dégradations du temps et des hommes. Ses bâtiments sont en grande partie démantelés et le terrain tend à la friche. Devant une telle situation, des esprits se mobilisent et font classer la saline aux Monuments historiques en 1926. L'année suivante, elle est acquise par le Conseil général du Doubs et sa restauration est envisagée. Plusieurs campagnes seront nécessaires de 1932 à 1996 pour lui rendre sa superbe.
Pendant ce temps là, la saline, vidée de sa fonction première, trouve des utilisations temporaires diverses. Elle devient tour à tour entrepôt, accueil de réfugiés espagnols, camp d'internement des Tziganes et campement pour les Allemands pendant la Seconde Guerre mondiale, dépôt d'archives et même foyer rural. Ce n'est qu'en 1972 qu'elle trouve son actuelle vocation. Le conseil général du Doubs confie à l'Institut Claude‑Nicolas Ledoux la mission d'y développer une activité culturelle et touristique. En 1982, elle est inscrite au patrimoine mondial de l'humanité (UNESCO).